Sesuai UU No.38/2004 dan PP No. 15/2005. Secara umum, prinsip penyelenggaraan jalan tol adalah sebagai berikut: 

• Pemerintah menyusun rencana umum jaringan jalan nasional termasuk di dalamnya jalan tol yang ditetapkan oleh Menteri sebagai dasar pembangunan.
• Wewenang penyelenggaraan jalan tol berada pada Pemerintah. Sebagian wewenang meliputi dengan pengaturan, pengusahaan dan pengawasan jaln tol dilakukan oleh Badan Pengatur Jalan Tol (BPJT).
• Pendanaan pengusahaan jalan tol berasal dari Pemerintah dan/atau Badan Usaha yang memenuhi persyaratan berdasarkan kelayakan ekonomi dan finansial (lihat skema investasi).
• Dalam keadaan tertentu yang menyebabkan pengembangan jaringan jalan tol tidak dapat diwujudkan oleh Badan Usaha, Pemerintah dapat mengambil langkah sesuai kewenangannya, yaitu dengan melaksanakan pembangunan jalan tol sebagian atau seluruhnya yang pengoperasiannya dilakukan oleh swasta. 
• Pengadaan sebagian atau seluruh lingkup pengusahaan jalan tol dilakukan melalui pelelangan secara terbuka dan transparan. Selanjutnya badan usaha yang mendapatkan hak pengusahaan berdasarkan hasil pelelangan mengadakan perjanjian pengusahaan jalan tol dengan pemerintah. 
• Pemerintah melaksanakan pengadaan tanah untuk pembangunan jalan tol bagi kepentingan umum. Sumber dana pengadaan tanah untuk jalan tol dapat berasal dari pemerintah dan/atau badan usaha.
• Penentuan tarif tol dihitung berdasarkan kemampuan membayar pengguna jalan, keuntungan biaya operasi kendaraan dan kelayakan investasi. Besaran tarif tol tercantum dalam Perjanjian Pengusahaan Jalan Tol (PPJT) dan diberlakukan saat penetapan pengoperasian jalan tersebut sebagai jalan tol. Evaluasi dan penyesuaian tarif dilakukan setiap dua tahun berdasarkan laju inflasi. Pemberlakuan dan penyesuaian tarif dilakukan oleh Menteri Pekerjaan Umum.