Balai Pelaksanaan Jalan Nasional Aceh memiliki lima satuan kerja (Satker) dan PPK (Pejabat Pembuat Komitmen) dengan total 23 Pejabat sesuai dengan struktur di atas. Nama lengkap dari kelima satker tersebut adalah:

1. Satuan Kerja Perencanaan dan Pengawasan Jalan Nasional Aceh
2. Satuan Kerja Pembangunan Jalan Nasional Wilayah I Aceh
3. Satuan Kerja Pembangunan Jalan Nasional Wilayah II Aceh
4. Satuan Kerja Pembangunan Jalan Nasional Wilayah III Aceh
5. Satuan Kerja Perangkat Daerah Tugas Perbantuan