Proses reformasi birokrasi dan perampingan organisasi sesuai arahan Presiden Joko Widodo saat pelantikan di depan sidang MPR/DPR untuk mempercepat pengambilan keputusan, ditindak lanjuti dengan PermenPANRB Nomor 28 tahun 2019 tentang Penyetaraan Jabatan Administrasi (eselon III dan IV) ke dalam Jabatan Fungsional, dan untuk Kementerian PUPR telah ditetapkan oleh Kementerian PANRB melalui Surat Nomor B/309/M.SM.02.00/2020 tanggal 8 Juni 2020 perihal Persetujuan Penyetaraan Jabatan Administrasi ke Dalam Jabatan Fungsional Kementerian PUPR.

Tindak lanjut dari penyederhanaan organisasi dalam rangka meningkatkan efektivitas dan efisiensi pelaksanaan organisasi dilakukan melalui penetapan struktur organisasi Kementerian PUPR yang baru berdasarkan Permen PUPR Nomor 13 Tahun 2020 tentang Organisasi dan Tata Kerja Kementerian PUPR serta Permen PUPR Nomor 16 Tahun 2020 tentang Organisasi dan Tata Kerja Unit Pelaksana Teknis Kementerian PUPR.

Imbasnya, diterbitkannya Permen PUPR tersebut organisasi Balai Besar Pelaksanaan Jalan Nasional XIII Makassar dengan wilayah tugas dua propinsi yaitu Sulawesi Selatan dan Sulawesi Barat, berubah menjadi Balai Besar Pelaksanaan Jalan Nasional Sulawesi Selatan dan Balai Pelaksanaan Jalan Nasional Sulawesi Barat. Selain menjadi dua balai tipologi Balai Besar Pelaksanaan Jalan Nasional Sulawesi Selatan berubah dari balai tipe B menjadi balai tipe A.