Berdasarkan Peraturan Menteri Pekerjaan Umum dan Perumahan Rakyat Nomor 16 Tahun 2020 tentang Organisasi dan Tata Kerja Unit Pelaksana Teknis di Kementerian Pekerjaan Umum dan Perumahan Rakyat, Susunan organisasi Balai Pelaksanaan Jalan Nasional terdiri atas:
a. Subbagian Umum dan Tata Usaha;
b. Seksi Keterpaduan Pembangunan Infrastruktur Jalan;
c. Seksi Pembangunan Jalan dan Jembatan;
d. Seksi Preservasi; dan
e. Kelompok Jabatan Fungsional.