Berdasarkan Peraturan Menteri Pekerjaan Umum dan Perumahan Rakyat Nomor 05/PRT/M/2019 tentang Perubahan atas Peraturan Menteri Pekerjaan Umum dan Perumahan Rakyat Nomor 20/PRT/M/2016 tentang Organisasi dan Tata Kerja Unit Pelaksana Teknis Kementerian Pekerjaan Umum dan Perumahan Rakyat, bahwa Provinsi Sulawesi Utara dan Provinsi Gorontalo termasuk ke wilayah kerja Balai Pelaksanaan Jalan Nasional XV Manado. Kemudian peraturan tersebut dicabut, dan sebagai penggantinya diterbitkan Peraturan Menteri Pekerjaan Umum dan Perumahan Rakyat Nomor No.16 Tahun 2020 tanggal 2 Juni 2020 tentang Organisasi dan Tata Kerja Unit Pelaksana Teknis di Kementerian Pekerjaan Umum dan Perumahan Rakyat. Salah satu perubahan yang berpengaruh langsung terhadap wilayah kerja yaitu dibentuknya Balai Pelaksanaan Jalan Nasional Gorontalo yang wilayah kerjanya di Provinsi Gorontalo. 

Wilayah kerja BPJN Gorontalo meliputi Provinsi Gorontalo dengan luas total 12,215,45 km2 dan panjang jalan nasional 748,59 km.