Sesuai Peraturan Menteri PUPR Nomor 16/PRT/M/2020 tentang Organisasi dan Tata Kerja Unit Pelaksana Teknis Kementerian Pekerjaan Umum Dan Perumahan Rakyat, wilayah kerja Balai Pelaksanaan Jalan Nasional Sulawesi Tenggara meliputi Provinsi Sulawesi Tenggara. Balai Pelaksanaan Jalan Nasional Sulawesi Tenggara berdasarkan Keputusan Menteri PUPR Nomor 1688/KPTS/M/2024 mengelola 104 (Seratus Empat) ruas jalan sepanjang 1490,84 km. Penanganan Jalan Nasional dan Jembatan di Provinsi Sulawesi Tenggara dibagi menjadi 4 (empat) wilayah, yaitu:

1. Wilayah I yang meliputi ruas jalan nasional di Kabupaten Kolaka Utara, Kabupaten Kolaka, Kabupaten Bombana,

2. Wilayah II yang meliputi ruas jalan nasional di Kabupaten Konawe Selatan, Konawe, dan Konawe Utara,

3. Wilayah III yang meliputi ruas jalan nasional di Kabupaten Muna, Kabupaten Buton, Kabupaten Bau-bau, dan Kabupaten Wakatobi,

4. Wilayah SKPD yang meliputi ruas jalan nasional di Kota Kendari.