BPJN Maluku Utara Dipimpin Oleh Kepala BPJN dimana membawahi pejabat struktural yaitu Kasie Preservasi, Kasie Pembangunan, Kasie KPIJ dan Kasubbag TU, serta membawahi pejabat fungsional yaitu Kasatker PJN Wil. I, Kasatker PJN Wil. II dan Kasatker P2JN Provinsi Maluku Utara dimana pejabat struktural tersebut membawahi beberapa PPK yang berada pada Satuan Kerja masing-masing.