Susunan periode Renstra 2015-2019 BPJN Bengkulu merupakan bagian wilayah kerja dari BPJN III Padang. Dengan meningkatnya perkembangan wilayah Sumatera dan rencana Ibu Kota Negara Baru (IKN) maka Kementerian PUPR berdasarkan Permen PUPR No. 26 Tahun 2020 tentang Organisasi dan Tata Kerja Unit Pelaksana Teknis di Kementerian Pekerjaan Umum dan Perumahan Rakyat Tanggal 25 September 2020 membagi wilayah kerja BPJN III Padang Provinsi Sumatera Barat dan Bengkulu membentuk balai baru BPJN Bengkulu.

Adapun susunan organisasi BPJN Bengkulu berdasarkan Permen PUPR No. 26 Tahun 2020 tentang Organisasi dan Tata Kerja Unit Pelaksana Teknis di Kementerian Pekerjaan Umum dan Perumahan Rakyat pasal 106 adalah sebagai berikut:

a.            Subbagian Umum dan Tata Usaha;

b.           Seksi Keterpaduan Pembangunan Infrastruktur Jalan;

c.            Seksi Pembangunan Jalan dan Jembatan;

d.           Seksi Preservasi, dan

e.            Kelompok Jabatan Fungsional.