Terdapat tiga misi Pusat Litbang Prasarana Transportasi yaitu 1) menyelenggarakan litbang prasarana transportasi yang berorientasikan kepada burning issues dan akomodatif terhadap aspek sosial dan budaya. 2) mensosialisasikan teknologi produk litbang yang mudah diaplikasikan oleh masyarakat. 3) meningkatkan pelayanan IPTEK prasarana transportasi yang berdaya saing. Dari hasil analisis SWOT diperoleh faktor penentu keberhasilan organisasi PUSTRAN yaitu: 1) Memanfaatkan peralatan dan SDM yang ada untuk menciptakan teknologi dan NSPM yang handal dalam memecahkan permasalahan prasarana transportasi di daerah. 2) Menyosialisasikan PUSTRAN ke daerah agar otonomi daerah dapat dimanfaatkan. 3) Melakukan kerjasama dengan institusi luar negeri dan dalam negeri untuk meningkatkan manajemen SDM dan peralatan. 3) Meningkatkan kesejahteraan karyawan melalui pemanfaatan OTDA