Balai Pelaksanaan Jalan Nasional Nusa Tenggara Timur mempunyai tugas melaksanakan pemrograman, perencanaan, pengadaan, pembangunan, preservasi dan pengendalian penerapan norma, standar, pedoman dan kriteria bidang jalan dan jembatan termasuk konektivitas jaringan jalan di wilayah Nusa Tenggara Timur sesuai dengan ketentuan peraturan perundang-undangan.