Sesuai dengan Peraturan Menteri Pekerjaan Umum dan Perumahan Rakyat Nomor 05/PRT/M/2019 tentang perubahan atas Peraturan Menteri Pekerjaan Umum dan Perumahan Rakyat Nomor 20/PRT/M/2016 tentang organisasi dan tata cara kerja unit pelaksana teknis Kementerian Pekerjaan Umum dan Perumahan Rakyat.

Dalam melaksanakan tugasnya, Balai Besar Pelaksanaan Jalan NasionalKalimantan Timur berada di bawah dan bertanggung jawab kepada Direktur Jenderal Bina Marga. Balai Besar Pelaksanaan Jalan Nasional Kalimantan Timur dipimpin oleh seorang Kepala. Balai Besar Pelaksanaan Jalan Nasional Kalimantan Timur mempunyai tugas melaksanakan perencanaan, pengadaan, pembangunan dan preservasi jalan dan jembatan, penerapan sistem manajemen mutu dan pengendalian mutu pelaksanaan pekerjaan, penyediaan dan pengujian bahan dan peralatan serta keselamatan dan lain fungsi jalan dan jembatan sesuai dengan ketentuan peraturan perundang-undangan